特別研究を実施するにあたっては、各学生の出身学部の専門分野を考慮して、１・２年次は通常の研究科における修士課程に相当する専門科目（選択必修）を履修します。専門科目にはコア科目群を設定して階層構造を持たせるとともに、社会科学系科目と自然科学系科目のカテゴリー分けを行い、それぞれ選択必修とします。
具体的な研究テーマは入学時に、学生と教員との議論を通じて決めます。特別研究 では、専門分野だけでなく、その研究成果を社会へ展開する将来構想（方法論や仮説設定）についても研究します。
５年一貫教育の最初の１～２年次において自らの専門分野における専門教育を受講するとともに，自らが専門とする研究分野における特別研究を１～３年次に実施します。
なお，専門分野の質の保証は，従来の研究科における専門教育における学位プログラムと同等の方法により実現します。

特別研究として、ボランティア活動を実践してその精神を学ぶだけでなく、リーダーとして様々な立場と視点および文化・社会習慣を理解して行動できるように鍛錬するのが、サービスラーニング（インターンシップ）です。１年次は国内で、２年次は国外で実施します。
国内（１年次）においては、京都市近隣の自治体等の協力を得て、福祉施設などで奉仕活動を行い、実習報告書の作成と発表会を通じて個別体験の共有化を図ります。多様で調和のとれた社会の持続的発展には、弱者への心配りができ、進んでボランティア活動を行って様々な人々と社会経済活動を営む志と経験をもった人材が必要です。福祉施設でのインターンシップを通じて、他者を思いやる心、規範意識と社会性、ならびに人間力と行動力を兼ね備えたリーダーにふさわしいマインドの育成を目的としています。
２年次においては、国際協力機構JICAの協力を得て、文化・社会習慣の異なる海外でのボランティア活動等を行います。 期間はおよそ１か月とし、帰国後、報告書作成と発表会を通じて個別体験の共有化を図ります。異なる文化・社会習慣を持つ国で、様々な支援活動が行われている現場を体験することにより、日本人に求められていること、リーダーとしての在り方などについて考え、国際社会の多様な構造とそれに関連した人々の環境などについての理解を深めます。さらに、リーダーとしての判断と行動に係る知恵を修得することで、国際性を獲得する第一歩を踏み出し、学生が専門分野を社会で役立てる実効的方策について自ら熟考する機会を得ることを目的としています。
成績評価にあたっては、多様な地球社会における文化と人間生活などを理解し、リーダーとして判断・行動し得るための経験を積むことができたかどうかを、
• コミュニケーション力、表現力
• 社会性・国際性
• 問題解決力・実践力
の項目ごとに評価し、レポートと発表会でのプレゼンテーションをもとに特別研究の指導教員と現地協力担当者が合議により行います。

熟議とは，グローバルリーダーとしての意識向上と疑似体験に基づく演習です。産官の学外講師による産官連携科目を１年次・２年次に自由選択科目として配当し、学生の社会性の育成を図るとともに、今取り組むべき社会課題について調査研究を行う機会とします。詳細はこちら＜リンク＞。

２年次終了時には、１～２年次におこなった特別研究の内容をもとに、総合的な課題解決の基礎となる研究と知識に関する学位論文草稿の予備審査を行います。